河川の水質状況を把握するために、管内10箇所（最上川5箇所、赤川5箇所）の地点でBOD（生物化学的酵素要求量）など38項目にわたって測定しています。BODでみると、最上川、赤川とも管内の全地点で環境標準を満たしており、経年的にはほぼ横ばいの状況にあります。また、平成10年度からは環境ホルモン、平成11年度からはダイオキシン類についても、水環境中の実態把握調査を開始しています。

※ BODとは、水中の微生物息量を測定するもので、BODが高ければ微生物が多く存在し、汚れた河川ということになります。